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Secondo la tradizione più accreditata nel mese di agosto del 1336 una fanciulla ricoverata nello spedale detto di S. Jacopo o S. Lorenzo fu miracolosamente guarita da una lunga infermità per intercessione della Beata Vergine. La Vergine Maria successivamente appare di nuovo chiamando tutti alla conversione in previsione della grande peste che colpira Pistoia e mezza Europa (1348) . Sul muro dello spedale lascia la sua Immagine (acheropita) miracolosa . A seguito di questi prodigi l'aula dello spedale fu trasformata in oratorio; ma nel secolo XV fu edificata al suo posto una nuova chiesa dedicata a S. Maria delle Grazie, detta anche del Letto, perché in essa è conservato il letto della fanciulla miracolata.
Nel 1469 il Consiglio del popolo deliberava un consistente contributo per l'edificazione della chiesa, che a quell'epoca era già iniziata. Nella costruzione ultimata verso la fine del secolo sembra accertata l'opera di Ventura Vitoni, forse nella fase di completamento. Nel 1526 il monastero costruito a lato della chiesa fu affidato ad una comunità di monache sotto la Regola di S. Agostino, dopo la soppressione per ordine del Vescovo Ricci, il complesso fu incorporato nello spedale del Ceppo.
Con decreto del vescovo Rossi del 10 Marzo 1841 fu eretta in parrocchia "la chiesa della SS. VERGINE delle Grazie alias del Letto" e con il Decreto del Vescovo Fausto Tardelli del 29 settembre 2016 il Santuario Diocesano viene eretto in Rettoria.
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Vergine delle Grazie ,
Madre tenerissima, ci rivolgiamo a Te,
perchè Tu ci ottenga pazienza nelle prove,
fiducia nei momenti difficili,
certezza interiore, che Gesù non ci lascerà mai soli:
ieri , quando serena ci appariva la vita,
oggi, che portiamo la croce.
Vergine Santa noi Ti preghiamo perchè,
tenera Madre,
Tu ci faccia spesso una carezza sul cuore
per darci serenità e pace.
Vergine delle Grazie prega per noi.